反冲洗后铁锰细菌数量的大幅度下降由两个原因造成，一是因为反冲洗将滤层中大量铁泥冲出，试验中观察到反冲洗操作的前30秒内反冲洗出水完全呈黑色，且含有絮状沉淀物。铁泥中的菌胶团包含有大量铁、锰氧化细菌，致使铁细菌数下降，同时反冲洗使锰砂滤料表面的生物膜也有部分脱落。二是说明此反冲洗强度有些偏大，时间历时也偏长，造成生物滤层微生物群落的破坏，大量的菌胶团随反冲洗水冲出，不利于反冲洗后锰砂滤柱处理能力的恢复。从反冲洗后不同滤层深度的铁细菌数量变化也可看出，随锰砂滤层深度增加铁细菌数最并未发生很大变化，说明反冲洗使得锰砂滤柱各部的滤料呈流化状态运动，顶部生物最丰富的滤料得以到达滤柱底部，完全达到了反冲洗的目的，但铁锰细菌数量的大幅度下降又说明反冲洗操作需要降低强度。

    成熟的锰砂生物滤层在周期性的反冲洗条件下，没有受到过度的冲击，生物量的适度减少，并不影响处理效果。生物除铁除锰滤层中细菌的分布不单附着在滤料表面生物膜，而且还包埋于滤料缝隙的铁泥中，控制适宜的反冲洗强度和时间，使部分截留的铁泥随水流流出滤层，滤料生物膜得以更新，使滤层中维持着相当数量的铁、锰氧化细菌数和种群优势，可以保证细菌的繁殖和生态系统的稳定，同时保证整个滤柱中的生物量仍较高，确保生物膜经短时间即可恢复，才可保证锰砂滤料的处理能力。